Η Σαντορίνη μυθιστορηματικά συνδέεται με την χαμένη Ατλαντίδα, δηλαδή πως ήταν το κεντρικό τμήμα του νησιού που καταποντίστηκε. Περίπου το 1613 π.Χ. έγινε η πρώτη σημαντική ιστορική έκρηξη του ηφαιστείου. Οι κάτοικοι του νησιού είχαν προφανώς ειδοποιηθεί νωρίτερα να εγκαταλείψουν το στρογγυλό νησί και έτσι σώθηκαν από την έκρηξη.
Στην μυθολογία λέγεται πως η έκρηξη του ηφαιστείου της Σαντορίνης περιγράφεται από τον μύθο του Φαέθοντα, γιο του Ήλιου και της Κλυμένης, ο οποίος ζήτησε άδεια από τον πατέρα του να οδηγήσει το άρμα του. Όμως δεν κατάφερε να ελέγξει τα αφηνιασμένα άλογα του άρματος με αποτέλεσμα την αλλαγή της πορείας με καταστροφικά αποτελέσματα. Τότε επενέβη ο Δίας και κατακεραύνωσε τον Φαέθοντα για να μπορέσει να σταματήσει το άρμα.