Το σύμπλεγμα νησιών της Σαντορίνης έχει μεγαλοπρεπή ιστορία που χάνεται στα βάθη των αιώνων και μπερδεύεται σχεδόν αριστοτεχνικά με το μύθο.

Ιστορικά το νησί είχε κατοίκους από τα προϊστορικά χρόνια και όπως όλα δείχνουν η ιστορία και ο μύθος του μοναδικού στον κόσμο νησιού συνδέονται άμεσα με το ηφαίστειο και τη δραστηριότητά του. Οι  σχετικά πρόσφατες ανασκαφές που πραγματοποιήθηκαν νότια του νησιού, στον οικισμό Ακρωτήρι, έφεραν στο φως μια παραλιακή πόλη με πολιτισμό παρόμοιο με το Μινωικό με ιδιαιτέρα όμως τοπικά Κυκλαδικά στοιχεία. 

Ο Ηρόδοτος την αναφέρει ως Στρογγύλη, λόγω του κυκλικού σχήματος, η οποία σύμφωνα με τη Μυθολογία αναδύθηκε από τον βυθό της θάλασσας. Αργότερα η Σαντορίνη ονομάστηκε Καλλίστη εξαιτίας της  ξεχωριστής ομορφιάς της.